En las inmediaciones de Fuentespalda-Fondespala, se han encontrado restos arqueológicos que permiten confirmar la ocupación de estas tierras desde la Prehistoria reciente. De época prehistórica es especialmente interesante el pequeño abrigo de la Vall dels Figuerals, donde se conservan restos de pinturas rupestres levantinas decarado patrimonio de la humanidad por la UNESCO. Entre los yacimientos de época histórica, destaca la Vila Vella, que constituye uno de los pocos asentamientos de época plenamente romana (Siglos I-III), conocidos en el sector del Matarraña-Matarranya y que, sin duda, debió ser el núcleo antecesor de la población actual.
En tiempos de la Reconquista, siglo XII, la Localidad de Fuentespalda-Fondespala, aparece mencionada como una aldea o caserío perteneciente al territorio de Peña Aznar Lagaya, que fue dado en feudo en 1175 al Obispo e Iglesia de San Salvador (la Seo) de Zaragoza. En 1232 se concedió la Carta de Población a los nuevos habitantes de esta localidad procedentes en su mayor parte de la Zona norte de Lleida. En 1295, a pesar de ser una aldea dependiente de Valderrobres-Vall de Roures, obtuvo el privilegio de tener jurados y justicia propios. Este hecho, si bien significaba su independencia como municipio, no impidió que durante varios siglos la Villa pagara impuestos, diezmos y primicias al Obispado de Zaragoza, En 1659 se hizo la partición de los términos de Fuentespalda-Fondespala y Valderrobres-Vall de Roures.
Durante la Edad Moderna y contemporánea, sin depender ya del Obispado de Zaragoza, las tierras y población de Fuentespalda-Fondespala, como en general las del Matarraña-Matarranya, sufrieron los efectos devastadores de varias guerras y conflictos armados que provocaron su lento desarrollo. Este hecho, unido a la tradicional falta de buenas comunicaciones, al abandono sistemático de la administración central y a una importante emigración sobre todo en la segunda mitad del siglo XX, han contribuido a reforzar un carácter netamente rural que ha perdurado hasta nuestros días.